K.H.R. Bagus Khasantuko adalah seorang pangeran Putra Ndalem Sunan Amangkurat III yang pada masa kecil bernama Raden Bagus Kemuning. K.H.R. Bagus Khasantuko merupakan darah keturunan Sultan Agung Hanyokrokusumo dari jalur Sunan Amangkurat III atau Sunan Mas. Oleh karenanya sebagai keturunan raja nama khasantuka diberi gelar dengan sebutan Raden Bagus.
Mengenai riwayat hidup K.H.R. Bagus Khasantuko, tidak pernah diketahui secara pasti karena tentang hal ini Sadjarah Dalem dengan sengaja tidak memuat berita, dan cerita tutur pun tidak banyak memberi keterangan. Akan tetapi seiring perjalanannya waktu, perjalanan hidup K.H.R. Bagus Khasantuko mulai diriwayatkan dan ditulis oleh Al-Khidmah Kabupaten Bantul dan kasepuhan Watucongol. Salah satu keturunan K.H.R. Bagus Khasantuko ini adalah K.H. Abdurrouf, ia adalah pendiri Pondok Pesantren Watucongol tahun 1820.
Menelusuri jejak sejarah K.H.R. Bagus Khasantuko, tidak dapat dilepaskan dari awal mula keberadaan dusun Senuko. Adapun asal usul penamaan dusun Senuko berasal dari nama beliau Khasan Tuko – Santuko – Senuko dan lidah Jawa mudah mengucapkannya Senuko.
Mengenai sejarah K.H.R. Bagus Khasantuko sekilas perlu menengok kembali sejarah Babad Tanah Mataram. Sunan Amangkurat III dikenal sebagai Sunan Amangkurat Mas dan memiliki nama julukan yakni Sunan Kendang. Beliau memiliki istri dan selir yang berjumlah 48 ditambah dengan wanita yang lainnya. Selain itu beliau mengambil permaisuri Raden Ayu Lendah dan Raden Ayu Himpun, putri Pangeran Puger. Masa pemerintahan beliau banyak diliputi berbagai konflik sehingga banyak bangsawan meninggalkan istana, ditambah dengan sifat raja senang berfoya-foya dan asmara tetap diatas segalanya membuat para rakyat pun pada saat itu tidak menyukai kepemimpinannya.
Semasa Sunan Amangkurat III diasingkan oleh Belanda ke Sri Langka, Ia membawa seluruh para istri dan putra-putranya untuk ikut bersamanya. Menurut cerita yang berkembang K.H.R. Bagus Khasantuko (Raden Bagus Kemuning), termasuk salah satu yang ikut diasingkan ke Sri Langka bersama dengan Amangkurat III, namun tanpa keterangan pasti beliau mampu kembali ke kerajaan. Tetapi karena konflik yang terus terjadi, membuat Raden Bagus Kemuning tidak nyaman dan pada akhirnya keluar dari istana.
Raden Bagus Kemuning pun mulai melakukan pengembaraan menuntut ilmu dari pesantren ke pesantren di Tanah Jawa dan bergaul dengan kehidupan para kyai dan santri secara akrab bahkan beliau rela melepaskan gelar kebangsawaannya. Pada tahun 1755 terjadi perjanjian Giyanti antara Sunan Pahubuwana III dan Pangeran Mangkubumi yang intinya adalah membagi wilayah kerajaan Mataram Surakarta menjadi dua, yakni Yogyakarta dan Surakarta. Dalam hal kegoncangan politik inilah kemudian K.H.R. Bagus Khasantuko memilih bergabung dengan pangeran Mangkubumi, namun setelah itu beliau lebih memihak untuk bergabung bersama rakyat kecil daripada memasuki istana.
Kisah K.H.R. Bagus Khasantuko sama seperti kisah Kyai Nur Iman yang mencoba menjauh dari hiruk pikuk tahta angkara yang sedang memanas dan memilih untuk meninggalkan kerajaan.kalau dirunut tahunnya, Kyai Nur Iman dan K.H.R. Bagus Khasantuko tidak jauh berbeda masa hidupnya seperti kakak adik meski kalau dilihat di silsilah kraton mereka berdua bukan kakak adik kandung. Kyai Nur Iman memilih bertempat tinggal di dusun Mlangi hingga akhir hayatnya, yang sekarang menjadi kompleks Pondok Pesantren Assalafi Mlangi. Adapun K.H.R. Bagus Khasantuko memilih Godean sebagai pesanggrahan dalam mengajarkan islam.
K.H.R. Bagus Khasantuko pun sangat berarti bagi Pangeran Diponegoro disamping K.H.R. Nur Iman. Dasar dari perjuangan Pangeran Diponegoro sendiri adalah berasaskan panji-panji islam bukan dari kalangan kerajaan. Selain menganggap K.H.R. Bagus Khasantuko sebagai penasihatnya. Pangeran Dionegoro juga mengangkat Abdurrauf sebagai senopati. Ingat sebagaimana Perang Diponegoro yang punya markas di Selarong tapi jangkauan perangnya hingga Magelang? Hal inilah yang menjadikan Kyai Abdurrauf terkenal di daerah Magelang tepatnya disekitar Gunung pring basis pasukan Pangeran Diponegoro di Magelang dapat dikatakan digerakkan langsung oleh Kyai Abdurrauf dan islam kembali berjaya di Gunung pring lewat dakwah yang dilakukan oleh Kyai Abdurrauf, K.H.R. Bagus Khasantuko mengajarkan kepada Kyai Abdurrauf untuk selalu mengajarkan kalimat Allah kepada masyarakat.
K.H.R. Bagus Khasantuko akhirnya menjadi ulama besar yang disegani. Sebagai ulama, ia berjasa besar dalam menyebarkan agama islam didaerah Yogyakarta bagian barat, khususnya Godean. Tujuannya hanya satu yakni mencerdaskan rakyat dengan pengajaran agama. Ia bekerjasama bahu membahu dengan mbah Nur Iman atau BPH Sandiyo yang menjadi cikal bakal pesantren-pesantren daerah Mlangi Nogotirto Yogyakarta. Sementara itu salah seorang putera K.H.R. Bagus Khasantuko yang bernama Abdurrauf juga mengikuti jejak ayahnya yaitu senang mengkaji ilmu agama. Yang mana kyai Abdurrauf merupakan kakek buyut dari KH Ahmad Abdul Haq Dalhar (Mbah Mad) yang menjadi pengasuh keempat Pondok Pesantren Darussalam Watucongol, Gunungpring, Muntilan, Magelang, Jawa Tengah.