KH. Muhammad Nilzam Yahya lahir di Temanggung, 28 Agustus 1975. Beliau merupakan salah satu pengasuh Pondok Pesantren Krapyak Yogyakarta. Pendidikan formalnya banyak dihabiskan pondok pesantren, yaitu Pondok Pesantren Al Hidayat Lasem Rembang Jateng dan Pondok Pesantren Krapyak Yogyakarta. Kemudian dilanjutkan di Fakultas Syariah UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta (S1) dan Fakultas Psikologi UIN Walisongo Semarang (S2).
Sejak kuliah, Kiai Nilzam sudah aktif berorganisasi, seperti sebagai Ketua Keluarga Pelajar dan Mahasiswa (KPM) Temanggung (1995-1998), Wakil Ketua IPNU DIY (1997-2000), Anggota Panwaslu Kecamatan Parakan Temanggung (1999), Ketua Koperasi Pondok Pesantren Krapyak Yayasan Ali Maksum (2004-2020), Pengasuh Pondok Pesantren Krapyak Yayasan Ali Maksum (2003 – sekarang), Koordinator Bidang Pembangunan Pondok Pesantren Krapyak Yayasan Ali Maksum (2010 – sekarang), Ketua Bidang Usaha RMI PWNU DIY (2016-sekarang), Syuriah PCNU Bantul (2019 – sekarang), Kepala Madrasah Tsanawiyah Ali Maksum Yogyakarta 2019 – sekarang, Sekjen Himpunan Ekonomi dan Bisnis Pesantren (Hebitren) DIY (2020 – sekarang). Kini, beliau sebagai Ketua Rabithah Ma’ahid Islamiyah (RMI) (2022 – 2027)
Sebagai seorang kiai, Kiai Nilzam aktif mengajar di Pondok Pesantren Krapyak Yogyakarta (1996 – sekarang), Sekolah Tinggi Agama Islam Nahdlatul Ulama (STAINU) Temanggung (2000 – 2013), Universitas Alma Ata Yogyakarta (2005-sekarang), Ma’had Ali Pondok Pesantren Krapyak Yogyakarta (2017 – sekarang).