Dr. H. Waryono Abdul Ghofur, M. Ag saat ini menjabat sebagai Direktur Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren Kementerian Agama RI. Juga sebagai Wakil Ketua Komisi Kerukunan Antar Umat Beragama MUI.
Sebelumnya, ia pernah menjabat sebagai Dekan Fakultas Dakwa dan Komunikasi dan Wakil Rektor III Bidang Kemahasiswaan dan Kerjasama UIN Sunan Kalijaga, Yogyakarta. Di PWNU DIY periode 2022 – 2027, ia dipercaya sebagai Wakil Rois Syuriah.